Я тоже не пойму что это за жилы такие появились от грунтовки? Может смешивали ее с чем-то? Или грязь попала. Иначе даже не представляю что это может быть.
Сто процентов дело в шпаклевке. Автор, какую марку вы брали? Может она для других работ предназначена? Мы шпаклевали маркой Кнауф http://mastertibot.ru/product/shpatlevka-knauf-fugen/ ничего подобного не возникало уж точно. На этом лучше не экономить, так как потом придется переделывать, особенно если под дорогие светлые обои. Такие пятна так просто не возникают.